Wenn die Burg auf dem Felsen auch erst 1231 als "Burg (zu) Brubach" zum ersten Mal genannt wird, finden wir in Urkunden des frühen 12. Jahrhunderts schon die Edelfreien von Braubach, die wohl diesen günstigen Platz für eine Burg ausgesucht und wohl kurz nach 1100 erstmalig bebaut haben, wahrscheinlich mit dem – damals eher noch nicht so hohen – Turm auf der höchsten Spitze des Felsens, einem Wohnbau und einer Ringmauer drumherum. Eine noch ältere Vorgängeranlage ist an dieser Stelle nicht nachweisbar.Die Herren von Eppstein waren dann die Erbauer der romanischen Burganlage mit der für die Stauferzeit charakteristischen Dreiecksform des Grundrisses. Die Eppsteiner gehörten zu den mächtigsten Familien es Hohen Mittelalters, vier Namensträger waren Erzbischöfe von Mainz, einer Erzbischof von Trier, damit waren Angehörige dieser Familie immerhin Kurfürsten des Heiligen Römischen Reiches.

Durch Kauf kam die Marksburg 1283 an Graf Eberhard II. von Katzenelnbogen.
Diese Grafen aus dem Taunus zählten zu den reichsten Geschlechtern des Rheinlandes und rangierten ganz oben auf der Rangliste der Reichsgrafen.
Einer der Katzenelnbogener verlegte sogar seine Residenz zeitweise hierher und ließ dafür die gotischen Gebäude errichten. Sie verliehen der Marksburg ihre imposante Gestalt, die im Wesentlichen heute noch das Erscheinungsbild bestimmt.

Als 1479 die Katzenelnbogener im Mannesstamm ausstarben, kam die Grafschaft und damit die Burg über die Erbtochter, die den Landgrafen Heinrich III. heiratete, an Hessen. Die Marksburg wurde nun als Bergfestung mit Batterien und Bastionen für Kanonen ausgebaut, gut gerüstet für den 30-jährigen Krieg.
Weil die Burg und Braubach in der Zeit der Reformation und lange darüber hinaus zu Hessen gehörten, ist das Städtchen übrigens heute noch eine evangelische Exklave im ansonsten überwiegend katholischen Rheinland!

Nach Auflösung des Heiligen Römischen Reiches 1803 lag die Marksburg auf dem Gebiet des neugeschaffenen Herzogtums Nassau. Zur Zeit Napoleons fristete unsere Burg allerdings ein eher unscheinbares Dasein, weil sie, in modernen kriegerischen Auseinandersetzungen nicht mehr verwendbar, nur noch als Staatsgefängnis und Invalidenunterkunft diente. Die Besitzer wollten deshalb nicht mehr viel in die Erhaltung investieren.

Im preußisch-österreichischen Krieg von 1866 ergriff Nassau auf der österreichischen Seite, die den Krieg verlor, Partei und musste die Burg an Preußen abgeben. Dessen Kronprinz Friedrich Wilhelm fand zwar Gefallen an dieser einzigen "echten" Burg am Rhein ("Es wäre ein Vergnügen, sie wieder instand zu setzen."), trotzdem tat der Staat nicht viel für die verwahrloste Burg